有机质丰富，化肥的利用率大大提高。化肥释放到土壤中的硫suan盐、氯化物、亚硝suan盐等物质转化为水溶性有机化合物，丰富的土壤微生物的多种作用是无害的，使土地得以持续耕种。 因此，化肥对土壤硬化的负面影响并不是化肥太多，而是人们忽视了在土壤中施用足够的有机肥的结果。 微生物肥料的主要作用是促进植物根系的发育。 只要我们知道植物根系的重要性，就可以知道微生物有机肥料中含有的大量功能性微生物在生长繁殖过程中会产生大量的次生代谢产物，从而产生土壤团聚体结构的形成可以提升。施用菌肥的温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%-70%。 对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。 生物菌肥在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果较佳。